与传统的非靶代谢组相比，针对特定功能基团的特征谢组，可以提供更准确和灵敏的特定代谢物的特征表征，通常使用化学标记法(CIL-LC-MS)来实现。为了分析化学基团特征代谢组，应用化学标记试剂与常见的官能团反应形成代谢物衍生物，然后进行MS检测，提高低含量代谢物的检出与覆盖。以有机酸为例，标记如下图：

同时，自建化学标记特征代谢物数据库，收录2000+种特征代谢物。